셋째 날 - 강연

2008년 3월 27일 목요일 - 셋째 날 강연

2008-03-27-목 오후 7시 30분 (한국 시간: 03-28-금 오전 4시 30분)

  오늘 있었던 강연들은 전반적으로 내가 흥미없어 하는 분야의 이야기들이었다. cell cycle, 그것도 yeast같은 곳에서의 cell cycle이었기 때문에 듣는 둥 마는 둥 하였다. 하나 기억에 남는 것은, yeast cell이 분열을 할 때 mother cell과 daughter cell이 size에 의해 control을 받는 정도가 다르고 그것을 모델을 이용해서 밝혀내는 것이었다. 즉 만약 size에 의해 control을 받을 경우 어떤 두 변수를 plot해 보았을 때의 pearson correlation이 -1에 근접하는 반면 size에 independent하게 cytokinesis가 일어난다면 그 값이 0에 가깝게 된다는 것을 모델로 세운 식을 풀어서 확인을 한 후, 그 두 값을 실험적으로 측정을 하여 correlation을 구함으로써 mother cell과 daughter cell에서의 correlation이 각각 -1과 0에 가깝게 나오는 것을 확인함으로써 그 두 세포에서 size의 effect가 다르다는 것을 보여준 것이다. 이러한 방법은 모델을 세운 후 기작에 따라 어떤 결과가 나오는지를 확인한 후, 실제로 실험값을 측정하여 어떤 결과에 유사한지에 따라 기작을 유추해 들어가는 방식으로, 여태까지 내가 시도해 본 적이 없는 접근법이다. 모델을 이렇게 이용할 수 있다는 것은 어렴풋하게 알고는 있었지만 이렇게 직접적으로 이용하는 것을 본 것은 처음이다, 아 니 어쩌면 여러 번 있었을지도 모르지만 이처럼 명시적으로 이러한 식의 접근법을 알아볼 수 있었던 것이 처음일지도 모르겠다. 어쨌든 이러한 식의 접근법도 앞으로 이용해야 겠다.

  오후에는 flagella나 integrin 과 같은 것들의 dynamics에 관한 것들이었는데, modeling 부분은 대충 설명하고 넘어갔기 때문에 개인적으로는 실속을 못 느낀 일정이었다. 그래도 그 중 flagella의 길이가 일정한 것이 intraflagella transport 때문인 것 같고, 그 이유를 flagella를 만드는 단백질의 sink를 가정한 것은 단순하지만 꽤나 괜찮은 아이디어로 보였다.

  포스터 세션에서는 curvelet으로 혈관을 찾아내는 것이 흥미있었다. 한 장의 사진에서 curvelet coefficient를 구할 수 있는지, 또한 기존의 edge detection algorithm과 비교했을 때 어떤 장점이 있느냐고 물어 보았는데, 한 장에서 구할 수 있으며, 기존의 알고리즘들은 noise에 sensitive한 반면 curvelet은 그렇지 않다고 하면서 몇 개의 점들이 vessel로 detection되 지 않은 곳을 손으로 가리켜 보였다. 그 이외에도 curvelet coefficient로 영역을 구분할 수 있는 특징도 있었다. 현재 ICG를 이용한 perfusion imaging에서 혈관을 찾아 내는 방법이 perfusion rate에 의존하고 있는데 나는 이것에 기존의 edge detection algorithm들을 적용시켜 보았었다. 결과가 그런데로 괜찮긴 했었지만 썩 만족할만 하지는 않았다. 한국에 돌아가서 curvelet으로 구현을 해 볼 심산에 reference를 기록해 두었다. 나머지 것들은 별로 흥미롭지 않았다.

새벽부터 몇 번인가 잠이 깼다 들었다를 반복하다, 결 국 일어나 시계를 보니 새벽 6시 반이다. 더이상 잘 수 없음을 알았기에 옷을 대충 챙겨 입고 담배와 카드키를 챙겨 밖으로 나갔다. 비가 옷 젖을만큼 오고 있었다. 숙소 문 앞에 있는 우산을 꺼내 들고 담배를 하나 피우면서 산책을 시작했다. 조금 걷자 벌써 사람이 왔다갔다 하는 건물이 하나 보인다. 근처에 가서 이름을 보았는데 지금은 기억이 나지 않는다. 무엇을 하는 곳인지 한 번에 와 닿는 이름은 아니었다. 뒤로 돌아 아직 한 번도 가보지 않은 길을 따라 갔다. 나무가 우거지고, 오른쪽으로는 자동차 달리는 소리가 크게 들리는 것으로 보아 genome centre의 경계 부분 같았다. 아침부터 내리는 비에 나무며 풀, 꽃들은 이미 축축하게 젖어 있었다. 밝은 새벽임에도 불구하고 잔뜩 낀 구름 때문에 조금 어둡다는 느낌이 들었고, 그래서 그랬는지 나무며 풀들의 녹색이 더 진하게 느껴졌다. 조금 더 앞으로 걸어가자 조금 전에 보았던 건물의 뒷쪽이 나왔다. 안을 살짝 들여다 보니 아이들이 놀 수 있도록 미끄럼틀이며 이런저런 것들이 있다. 이 곳에 근무하는 사람 중 아이들이 있는 사람들을 위해 아이들의 놀이방같은 것이 운영되고 있는 듯 했다. 어 느 구석에는 '우리가 그렸어요'와 같은 문구가 있었는데 영어로 어떻게 쓰여있었는지는 기억이 나지 않는다. 다시 조금 더 앞으로 가자 내가 머물고 있는 방의 창문으로 보았을 때 보이는 곳이 보였기에 내가 머무는 방의 창문 밑을 지나고 있다는 것을 알았다. 방으로 들어 가 내 침대 위의 불을 켜고 abstract를 읽고 있으려니 준성이가 잠에서 깬다. 씻고 아침을 먹으러 향했다.

  아침은 토스트에, scrambled egg, 베이 컨, 소시지 등이 있었다. 내가 제일 좋아하는 류의 아침이다. 부담스럽지도, 그 렇다고 너무 초라하지도 않은, 아주 적절한. 맛 있게 아침을 먹고 방으로 들어 와 인터넷을 좀 하려는데, 생각해 보니 한국에서도 할 수 있는 일을 굳이 지금 할 필요는 없을 것 같아 카메라를 들고 밖으로 나갔다. 몇 군데 사진을 찍고 강연장으로 가서 앉아 있었다.

  점심을 너무 많이 먹은 탓에 도무지 무엇을 할 수가 없었다. 방 에서 한 시간만 자다 갈 심산에 누워 있으려니 자꾸 밖에서 누가 문을 두드린다. 난 다른 방인줄 알았으나 몇 번 더 반복이 됨에 따라 내가 있는 방의 문을 두드리는 것을 알았고 문을 열자 여자 한 명과 남자 두 명이 서 있었고, 여자가 뭐라고 하는데 잘 못 알아듣겠다. 세 번이나 같은 말을 반복하고서야 건물을 관리하는 사람인데 뭐를 좀 확인하기 위해 방 안으로 들어가야겠는데 괜찮겠냐고 하는 것이라는 것을 짐직할 수 있었다. 영국식 영어는 일반적으로 알아 듣기 쉬운데, 이 곳에 있는 사람들의 말은 종종 너무 알아 듣기 힘든 경우가 있다. 나는 그러라고 하고 물러 났고, 아저씨들은 지붕을 몇 번 올려다 보더니 뭐라뭐라 하고 나갔다. 나도 뒤따라 나가 강연을 들으러 갔다.

  포스터 세션이 있을 때, 별로 흥미있는 것이 없었고, 또한 아직도 배가 꺼지지 않아 주체할 수가 없었기에 밖으로 좀 나왔다. 햇살이 비치고 있었다. 한 2, 3일 계속 비가 부슬부슬 내리고 햇살이 없었는데, 오늘은 왠일인지 햇살이 나왔다. 여기 있는 내내 날씨가 안 좋으면 어떡하나 하는 생각을 하고 있었기에 오늘의 햇살이 더 반가웠고, 이 기회에 genome centre를 돌아 다니면서 사진을 찍을 심산에 발길 닿는데로 걷기 시작했다. 여기 저기 돌아다니며 사진을 찍고 돌아오고 있는데 저쪽에서 준성이 보인다. 우리는 만나서 저녁을 먹을 것인가를 잠깐 얘기했다. 나는 아직도 배가 꺼지지 않아 안 먹을 것이라고 하자, 준성이 혼자 먹으면 좀 그렇다고 해서, 그럼 가서 후식만 조금 먹을 생각에 식당으로 향했다. 아직 배식 전이었기에 자리에 앉아 조금 기다리니 밥을 나누어 주기 시작한다. 다행히 연어가 있어서 그것을 먹었다. 먹을 수 있었다. 간단히 저녁을 먹고 방에 들어 와 좀 전에 찍은 사진을 보고, 이 글을 쓴다. 조금 있다 오늘의 마지막 세션, planery lecture를 들으러 가야 한다.

 

 

2008년 3월 28일 오후 7시 15분 (한국 시간: 2008년 3월 29일 토요일 새벽 4시 15분)에 작성

  마지막 강연은 bacteria의 chemotaxis에 관련된 것이었다. 영양분의 gradient가 낮아지는 곳으로 갈수록 tumbling을 할 확률이 높아짐으로써 영양분이 많은 쪽으로 이동할 수 있다는 것이다. 또한 adaptation을 하기 위해, 외부 신호에 의해 tumbling을 시키는 기작과 동시에 tumbling을 막는 신호도 활성화가 되는데, 막는 신호가 더 늦게 활성화가 되기 때문에 adaptation이 가능하다는 것이다. 즉 tumbling을 막는 신호가 활성화되지 않는다면 영양분의 농도가 높은 곳으로 들어 왔어도 계속 tumbling을 하게 되는데, 그렇게 할 필요가 없으므로 어느 정도 시간이 흐른 후 tumbling을 막는 신호가 활성화된다는 것이다. 이것은 일종의 memory라 고 할 수 있다고 한다. 즉 어느 곳에 영양분이 많았는지를 기억하는 것인데, 그 핵심적인 mechanism은 tumbling의 inactivation 속도 가 activation 속도보다 훨씬 느리기 때문이라고 한다. 사실 이 부분에서 좀 이해가 안 되었다. 이 강연자의 논문을 읽어 봐야 제대로 이해할 수 있을 것 같다.