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연구관련112

R의 Bioconductor 및 관련 package 를 설치하면서 최근 PNAS에 microarray 나 RNAseq 같은 gene expression profile 결과를 '절대적' 수치로 normalization 해 주는 방법이 나왔는데(관련 논문), 그 구현은 R의 SCAN.UPC package 로 되어 있다. 그래서 이 package 를 설치 및 사용하기까지의 과정을 기록해 본다. (원랜 페북에 써 놓은 건데 여기다 옮겨 적는다, ㅋ) 리눅스에 R 을 설치하고 있다. 일단, 예의 그렇듯이, 에러가 났는데, readline 이나 x11 에 관련된 header 파일이 없어서 난 것은 간단히 알 수 있어서 yum 으로 설치를 했다. 그런데 lapack 을 설치하는 부분에서 에러가 난다. 문제는, lapack 과 관련 파일들을 설치를 했음에도 에러가 나고 있다는 것이다.. 2013. 11. 22.
기계학습 관련 글 예고(?), ㅋ 다음과 같은 기계 학습 (machine learning) 관련 library 들에 관해 글을 차근차근 쓸 예정이다. Python의 scikit-learnC++ 의 dlib C++ 위 라이브러리는 많은 예제가 있고 대부분 상업용 제품에 사용될 때에도 자유롭게 쓸 수 있는 라이브러리이다. python 의 scikit learn 은 많은 예제가 제공되고 있으므로 예제 페이지의 코드를 살펴 보는 것만으로도 어느 정도 사용법을 익힐 수 있다. dlib c++ 은 기계 학습 뿐만 아니라 다른 것도 제공이 되고 문서화가 잘 되어 있기는 한데 예제에 관한 결과 그림이 없어서 약간 불편하긴 하지만 실험 정신이 약간만 있어도 쉽게 이용할 수 있다. 특히 이들 라이브러리는 설치에 크게 힘이 들지 않다. dlib C++ 의 .. 2013. 9. 29.
결국은 C++ 찬양론자 >.<"" 가 될 수밖에 없는 이유는, 다뤄야 하는 파일이 GB 단위를 넘는 경우가 자주 있기 때문이다, >.... c ? 1 : -1; 뭐, 이런 것이라거나, a = (int)(b == c); 이런 것. a ^= 0x01, 이런 건 걍 문법적으로 지원되는 것일 뿐이니 좀 다르지만, ㅋ. OOP는 확실히 좀 애매꾸리하긴 하다. 이 부분은 자바 승. 하지만 C++도 그래도 나름 OOP 가 되는지라 쓸 필요가 있을 땐 요모조모 요긴하게 써먹을 수 있다. 특히나 함수객체 같이 STL 과 섞어 쓸 수 있는 것들, 혹은 상속 등을 이용한 다형성의 이용 등에 익숙해지면 클래스 디자인의 재미에 빠질 수 있다. 속도. 이 부분도 생략. 아, 에피소드 몇 개만 얘기해 보자. 내 친구는 ruby 를 배워볼까, 하더니 PCA를 바로 .. 2013. 5. 9.
순식간에 10개의 창을 띄웠다. 갑자기 컴퓨터가 멈춰서 껐다가 켠 후 하던 작업을 하기 위해 이렇게 저렇게 프로그램을 실행시키자니 벌써 10개의 창이 뜨고 말았다. 근데 사실 이 정도는 아무것도 아니다. 예전에 에러나서 재부팅 해야 하던 상황은 32개의 프로그램... 난 창을 잘 닫지 않고, 탐색기도 왔다갔다 하는 것 싫어서 갈 필요가 있는 창을 모두 띄워 놓기 때문에 일을 하다 보면 창이 매우 여러 개 뜬다. 그래서, 바로 이렇게 때문에 리눅스의 탐색기처럼 탐색기도 탭 브라우징이 되어야 하고 가상 데스크탑이 여러 개 있어야 하는데 대체 이놈의 윈조우즈는 왜 버전이 올라 가도 여전히 위 둘이 지원이 안되는 것이야... 2013. 5. 6.

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