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연구관련/Bioinfo류21

민감도와 특이도 (sensitivity and specificity) 진단의 관점에서 민감도(sensitivity)는 질병이 있는 사람을 얼마나 잘 찾아 내는가에 대한 값이고 특이도(specificity)는 정상을 얼마나 잘 찾아 내는가에 대한 값이다. 즉, 민감도는 질병이 있는 사람을 질병이라고 진단하는 비율이고, 특이도는 정상을 정상이라고 진단하는 비율이다. 일반적인 관점에서 민감도는 실제로 양성인 개체에 대하여 양성이라고 판단하는 비율이고 특이도는 실제로 음성인 개체에 대하여 음성이라고 판단하는 비율이다. 이 글은 진단의 관점에서 주로 설명한다. 진단의 경우 '질병이 있는 개체'를 양성으로 판단하며, 따라서, 다음 글에서 양성은 질병군을 의미한다. 그러나 민감도 및 특이도, 또한 그에 따른 많은 개념들은 양성/음성과 같이 교집합이 없는 두 집합에 대하여 일반화 할 수.. 2018. 3. 10.
chemical descriptor (aaaC 등등) chemical의 molecular weight, ring number, 각 atom 의 수, charge 등등의 특성을 chemical descriptor라 하며, 물리/화학적 성질 이외에 구조의 기하학적 특성 등 매우 많은 descriptor 가 존재한다. 이에 관한 괜찮은 자료들. 찾고 찾아 들어 간 논문 중에 Electrotopological State Indices for Atom Types: A Novel Combination of Electronic, Topological, and Valence State Information, Lowell H. Hall, Lemont B. Kier, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35 (6), pp 1039–1045 DOI: .. 2016. 5. 5.
HuEx-1_0-st-v1 cdf 처리 문제 HuEx-1_0-st-v1 은 HuEx-1_0-st-v2 의 cdf 이용하면 된다. 구글 검색어:HuEx-1_0-st-v2 HuEx-1_0-st-v1 http://www.aroma-project.org/chipTypes/HuEx-1_0-st-v2/ Note II: Older CEL files for this chip type, may be reported to have chip type 'HuEx-1_0-st-v1'. This chip is slightly different from the 'HuEx-1_0-st-v2' chip. According to Affymetrix support, the difference is only in the control probes; "There is only a mi.. 2016. 5. 5.
SMILES 로 구조 파일 만들고 비교, 그림으로 나타내기 PDB에서 ligand 가 있는 것들에 대해서 SMILES 를 이용해 2D 혹은 3D 구조 파일로 만들고, 그림으로도 만든다. (구조 파일을 이용하여 그림을 그린 결과 비교는 이 글에 있다) 이것은 일을 할 때 찾아 보는 수고를 덜기 위해 개인적인 일을 기록한다. 명령어 조차도 할 때마다 찾아 보니 귀찮아서라도 이 곳에 사용했던 명령어를 적어 둔다, ㅋ. 결국은 SMILES, sdf file, mol2 file, 간의 상호 변환이 주된 문제이고, 이름으로 같은 chemical 인지를 matching 시키는 것에 있어 부정확한 것이 있으므로 구조로 비교까지 하는 것이 다른 한 작업. 주요하게 사용하는 프로그램은 Marvin 의 molconvert 와 OpenBabel. molconvert 는 연구용은 무료.. 2014. 4. 28.

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