연구관련112 NO가 혈관확장을 유도하는 것에 대하여 2009-03-11 03:57 요즘 교과서는 어떤지 모르겠는데, 많은 분자생물학/세포생물학 교과서에서 NO가 혈관확장을 일으키는 기작을 설명할 때, NO가 PKG를 activation 시키는 것까지 설명을 하고, 곧바로 vascular smooth muscle에 의한 혈관확장으로 넘어간다고 나와 있다. PKG ---> dilatation 이런 식으로. 그 앞 쪽에서는 다소 자세히 설명하다가 왜 갑자기 PKG에서 뜬금없이 dilatation으로 곧바로 넘어가는지 이해할 순 없는데, 그 빠진 과정을 설명해 보자면 다음과 같다. 동맥은 endothelial cell 바깥쪽에 vascular muscle cell (VMC) 이 존재해서, 이것이 혈관확장을 유도할 수 있게 된다. VMC는 약간 수축되어 있는 상태.. 2010. 1. 4. outlier 빼고 상관계수 구하기 : Mahalanobis 거리 데이터를 분석할 때 거의 항상 문제가 되는 것이 '튀는 점', 즉 outlier 이다. 보통 1차원이고 정규분포를 따르는 데이터일 때는 아주 간단하게는 평균 ± d*표준편차 밖에 있는 점들을 outlier 라고, d 는 2나 1.96 등의 값을 사용한다. 그런데 만약 2차원 이상의 데이터라면 계산값이 조금 달라진다. 데이터 분포가 다음과 같을 때를 생각해 보자. 데이터가 위와 같은 분포를 보일 때, 중심에서의 거리는 파란색 점보다는 녹색 점이 더 먼 것으로 생각할 수 있다. 왜냐 하면, 분산이 파란색 점이 있는 축이 더 작기 때문이다. 즉, 적게 퍼져 있는 분포에서 1 먼 것과, 많이 퍼져 있는 분포에서 1 먼 것은, 상대적으로 비교해 보면 많이 퍼져 있는 곳에서 1 먼 것이 좀 더 가깝다고 할 수 있기.. 2010. 1. 4. ROC의 AUC 구하기 1. ROC Curve란. 2. AUC 구하는 방법. 요약: 진단 방법의 효율성을 판단하는 방법 중 널리 사용되는 것이 ROC curve 이다. 민감도(sensitivity)와 특이도(specificity)가 어떤 관계를 갖고 변하는지를 이차원 평면 상에 표현한 것이 ROC curve인데, ROC curve 아래의 면적(AUC, area under curve) 이 넓을수록 좋은 진단 방법이라 할 수 있다. 이 글은 ROC curve의 AUC를 구하는 간단한 방법을 설명한다. 1. ROC Curve란. ROC Curve는 Receiver-Operating Characteristic curve의 줄임말로, 특정 진단 방법의 민감도와 특이도가 어떤 관계를 갖고 있는지를 표현한 그래프이다. 진단 방법에 의한 환.. 2010. 1. 4. cytoscape: network 연구 프로그램 주로 단백질-단백질 상호 작용 (protein-protein interaction, PPI)나 gene-gene interaction에 의한 network을 분석할 필요가 있을 때, 또는 microarray 결과를 이용하여 differentially expressed gene (DEG) 를 찾고, 그것으로부터 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)나 EASE 로 변화된 signal pathway (주로 '모듈'로 표현되는) 을 찾아 시각화 하고자 할 때 사용할 수 있는 프로그램, Cytoscape. 간단히 PPI를 예로 들면, 엑셀 파일을 불러 올 수 있기 때문에 사용하기 편하고, simple interaction format 이란 sif 역시 만들기 쉽다. 또한 노드나 에지의 .. 2009. 3. 6. 이전 1 ··· 25 26 27 28 다음
