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Pubmed eUtils 사용하기 URL 을 이용하여 Pubmed 검색 결과를 얻을 수 있는 방법이 eUtils를 이용하는 것이다. 이것을 이용하면 EndNote 에서 Pubmed 검색 결과를 가져 오는 것을 직접 구현할 수 있다. 자세한 내용은 eUtils 홈페이지에 잘 나와 있다. 여기서는 몇 가지 예를 살펴 보고, 실제로 내가 사용하는 파이썬 스크립트를 올려 놓는다. 다음과 같이 URL 뒤에 적절한 조건을 넣어서 요청을 하면 eUtils 서버에서 결과를 돌려 준다. search_text = 'TAK1[Text]'; search_address = 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&retmax=1000&term='+search_text.replac.. 2010. 7. 2.
resampling을 이용한 방법 (bootstrapping) resampling이란 모분포의 형태를 알 수 없을 때, 현재 갖고 있는 데이터의 일부분을 재추출하여 분포를 만든 후 관측하는 값의 통계적 의미를 확인하는 방법이다. 우선 estimate 에 대해 살펴 보고 넘어 가자. 일련의 데이터가 있을 때, 우리는 그 데이터의 총체적 특성을 나타내는 값으로 보통 '(산술)평균'을 이용한다. 즉, 평균이란 데이터 집합의 특성을 표현하기 위한 수치 중 하나의 예일 뿐이다. 최대, 최소, 중간값, 모드, 표준편차, skew, n-th moment 등 데이터 집합의 특성을 표현하기 위한 값에는 매우 많은 종류가 있다. 이 글에서는, 데이터가 주어지면 그 데이터를 이용하여 하나의 실수값을 계산해 낼 수 있을 때, 그 실수를 estimate 라 지칭한다. 보다 정확한 정의는 .. 2010. 7. 2.
수치해석학은 무엇을 배우는 과목인가 수치해석학은 컴퓨터를 이용하여 수학적인 문제를 해결하기 위한 방법에 관한 학문이다. 알고리즘과는 다음과 같은 관점에서 다르다. 알고리즘은 일반적으로 특정한 조건을 만족하는 해를 찾아 내기 위한 명확한 절차를 의미하며, 많은 경우 보다 적은 연산을 이용하여 문제의 해를 찾고자 한다. 예를 들면 2차원 평면 상에 N개의 점이 뿌려져 있을 때 N개의 점을 모두 포함하는 가장 작은 다각형을 그린다고 할 때 그 도형의 모서리에 있게 되는 점을 찾는 convex hull 문제와 같은 것. 혹은 보다 일반적으로는 정렬 문제. 그러나 수치해석학은 일반적으로 '수식'이 관여하는 문제의 '해'를 찾아 내기 위한 것이다. 예를 들면 ln(x) + x = K 이 때 K 가 임의의 실수라고 할 때 x 를 찾는 것. x를 양의 .. 2010. 6. 30.
구름, 노을, 그리고... 이미 해지는 많이 넘어간 어느 시간. 언제 비가 온다고 해도 전혀 이상할 것 없을만큼 흐린 날씨. 그 중에도 구름이 아직 채 채워지지 않은 곳이 있고, 그 곳엔 낮은 구름 위로 저 높이 떠 있는 새털구름도 살짝 보이고, 그리고, 더 멀리서 아직은 사라지지 않은 태양빛이 구름에 반사되어 만들어진 풍경. 그리고... 저 멀리 한 구석에서는 붉은 노을까지 살짝 보였다. 먹구름과 흰구름이 하늘과 바람, 강물 흐르는 소리와 사람 소리, 밝은 빛과 어울려진 어느 토요일 오후, 여의도. 노을만 본다 치면, 서강대교를 앞으로 두고 제법 도시적인 배경과 어울린 모습. 왠지, 다소 음산하고 긴장감 넘치는, 비가 언제 쏟아질지 모르니까, 때, 어느 곳인가에서 하늘이 보이면 많이 안심이 되곤 한다. 태풍이 지나면서 처음으로 .. 2010. 6. 29.