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부딪히고, 계속 밀고 나가기 들으면 곧바로 알 수 있는 천재라면 상관이 없겠지만, 그렇지 않은 대부분의 우리들은 새로운 내용을 접했을 때 곧바로 그것을 이해하기는 쉽지 않다. 하지만 많은 사람들이 들은 이후 그것을 '알았다'고 느끼기까지 짧은 시간만이 필요한 것만을 자기의 것으로 만들려고 하는 것 같다. 위 사진은 내가 q-value를 이해하고, 그것을 사용하기 위해 살펴 보는 과정에서 열린 프로그램과 웹 페이지들이다. 오른쪽에 R 이 떠 있는데, R script 를 사용하고자 처음 스크립트 에이터를 열어서 테스트로 1*23 을 하고 실행한 모습을 볼 수 있다. 문득 이 작업을 하니 이 글을 쓰려는 생각이 나는군. 그렇다, 나는 q-value를 알기 위해 우선 false discovery rate 부터 찾기 시작해서 관련 논문을 읽.. 2010. 10. 20.
R로 q-value 구하기 R로 q-value를 구하기 위해서는 이미 구현되어 있는 package 를 사용할 수 있다. false discovery rate 을 구하기 위한 R package들은 이 곳(strimmer 랩의 FDR에 관한 R 패키지 페이지)에 잘 나와있다. 이 글은 내가 주로 사용하는 package를 중심으로 설명한다. qvalue : John Storey가 제시한 알고리즘을 구현해 놓은 패키지. feature간의 dependence를 고려하지 않아도 될 때. GUI 가 제공된다. fdrtool : p-value 뿐만이 아니라 t-score, z-score나 correlation 으로부터 fdr 을 계산할 수 있다. multtest : bioconductor 하부에 있는 것으로, 꽤 여러 방법이 구현되어 있다. 나.. 2010. 10. 20.
convmv : 파일 이름의 encoding 을 변환 삼바 등으로 연결해 사용할 경우, 특히 윈도우즈에서 만든 파일 이름에 한글이 들어가는 경우 encoding 이 맞지 않으면 리눅스 쪽에서 보면 파일 이름이 깨져버리는 경우가 생긴다. putty 의 encoding 옵션과는 상관없이 볼 수 없게 되는데, 그럴 때는 적당한 encoding 으로 파일 이름을 변환해야 한다. 그러한 기능을 하는 프로그램이 convmv 이다. 형식은 매우 간단한데, convmv {-r} -f encoding -t encoding files {--notest} 이 때, -r 이 없으면 files에 대해서만 실행하고, 그 안의 하위 경로에 대해서는 실행하지 않는다. 또한 convmv 는 기본적으로 주어진 파일 이름들이 어떻게 변환될 것인지를 출력하기 때문에 실제로 파일 이름을 변환해.. 2010. 10. 18.
iconv : 파일 내용의 encoding 을 변환 삼바로 걸어 쓰거나, 서로 다른 서버에서 서로 다른 encoding 으로 파일을 만들었을 경우, 파일 내용을 제대로 볼 수 없을 때가 있다. 특히 메모장과 같은 단순한 프로그램에서도 ANSI 이외의 conding 으로 문서를 작성하게 되면 간단한 내용 조차도 내용이 깨지게 된다. 이럴 때는 iconv 로 encoding 을 바꾸어 주면 된다. 기본적인 사용법은 다음과 같다. iconv -f encoding -t encoding inputfile -o outputfile -f 다음에는 원래의 encoding 을 써주고, -t 다음에는 변환시킬 encoding 을 써준다. 결과가 stdout 으로 출력되는데, 따라서 파일로 출력을 원할 경우 -o 다음에 출력시킬 파일 이름을 지정해 준다. 예를 들면, ico.. 2010. 10. 18.

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