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연구관련112

dense subgraph 찾아내기(MCODE) unweighted graph에서 edge number / theoretical maximum edge number 로 정의할 수 있는 density가 큰 부분을 찾는 방법을 살펴 보자. 즉, 그래프에서 점들 사이에 선분이 많이 존재하는 곳을 찾는 작업. 이와 같은 류의 문제는 아직 deterministic한 알고리즘이 없어 보이며, 모든 경우에 적용할 수 있는 일반적 해법은 없고 문제에 따라 적절한 방법이 조금씩 다른 것으로 보인다. 이 글은 MCODE 라는 Cytoscape 플러그인에서 사용하는 방법을 기반으로 작성한다. 이 방법은 우선 각 노드에 점수를 준다. 그 후, 점수가 높은 노드에서 시작해서 선택하는 노드를 퍼트려 나가는 것이다. 이 때 중요한 점은, 각 노드의 점수는 그 노드가 얼마나 de.. 2010. 7. 25.
pubmed 사용법 Pubmed 는 생물학 관련 논문들의 초록 정보를 담고 있는, 세계에서 가장 방대한 데이터베이스 중의 하나이며 미국국립보건원에서 관리하고 있다. 출간되는 생물학 관련 논문의 대부분은 pubmed에 기록이 올라 가며, 따라서 논문 검색을 할 때 구글(또는 구글 스칼라)과 더불어 가장 유용한 싸이트라 하겠다. 이 글은 pubmed 에서 검색하는 방법을 설명한다. Pubmed는 NCBI의 하위 경로로 들어갈 수도 있고, 그냥 www.pubmed.com 으로도 들어갈 수 있다. 검색방법은 간단한데, 그냥 검색어를 나열하면 된다. 위와 같이 생긴 검색어 입력 창에 검색어를 입력하면 된다. 일반적으로 유전자(단백질)의 이름은 MeSH term에 의해 동의어 검색까지 모두 되므로, 공식적인 gene symbol 로 .. 2010. 7. 22.
물에 젖지 않는 깃털 오리나 거위 등의 새털은 물에 젖지 않는다. 직접 만져 보면 조금 매끄럽기는 한데 다소 신기한 일이다. 조류의 털에서는 기름 성분이 계속적으로 나오기 때문에 깃털은 물에 젖지 않는다는 내용을 어느 책에선가 본 기억이 난다, 일반생물학 책이었는지 유전학 책이었는지는 분명하지 않지만. 고래의 뇌에는 상당 부분을 지방질이 차지를 하고 있어서 지방의 양을 변화시킴으로 해서 심해까지 들어갈 수 있다고 한다. 이 내용은 생화학 책(Lehninger 3판이었을 듯, 노란 표지)에서 보았다. Whale, fat head, 뭐 이런 제목이었다. 지방은 beta-oxidation 을 통해서 분해가 되는데, chain 길이에 따라 다르긴 하지만 여하튼TCA 를 꽤나 여러 번 돌릴 수 있기 때문에 에너지원으로는 참 적절해 보.. 2010. 7. 14.
Pubmed eUtils 사용하기 URL 을 이용하여 Pubmed 검색 결과를 얻을 수 있는 방법이 eUtils를 이용하는 것이다. 이것을 이용하면 EndNote 에서 Pubmed 검색 결과를 가져 오는 것을 직접 구현할 수 있다. 자세한 내용은 eUtils 홈페이지에 잘 나와 있다. 여기서는 몇 가지 예를 살펴 보고, 실제로 내가 사용하는 파이썬 스크립트를 올려 놓는다. 다음과 같이 URL 뒤에 적절한 조건을 넣어서 요청을 하면 eUtils 서버에서 결과를 돌려 준다. search_text = 'TAK1[Text]'; search_address = 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&retmax=1000&term='+search_text.replac.. 2010. 7. 2.

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