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연구관련112

R로 q-value 구하기 R로 q-value를 구하기 위해서는 이미 구현되어 있는 package 를 사용할 수 있다. false discovery rate 을 구하기 위한 R package들은 이 곳(strimmer 랩의 FDR에 관한 R 패키지 페이지)에 잘 나와있다. 이 글은 내가 주로 사용하는 package를 중심으로 설명한다. qvalue : John Storey가 제시한 알고리즘을 구현해 놓은 패키지. feature간의 dependence를 고려하지 않아도 될 때. GUI 가 제공된다. fdrtool : p-value 뿐만이 아니라 t-score, z-score나 correlation 으로부터 fdr 을 계산할 수 있다. multtest : bioconductor 하부에 있는 것으로, 꽤 여러 방법이 구현되어 있다. 나.. 2010. 10. 20.
매너리즘의 끝에서 음, 꽤 질기게 가던 것도 이제 조금씩 끝이 보인다. 오늘이 목요일이라는 것을 저녁을 먹고 나서야 알게 되었다. 벌써 목요일이었다니... 어제랑 그저께는 정말 아무것도 안 하고 지나간 느낌이다. 몸이 아프거나 기분이 안 좋을 때 사람은 저마다 그것을 견뎌 내기 위한 저마다의 방법을 갖고 있어야 한다던 누군가의 말처럼, 나는 이럴 때 주로 '그냥 놀기' 를 하곤 하는데 이번에도 그리 크게 다르진 않았다. 꽤나 주기적으로 이런 시간이 온다. 보통 일주일 정도 가던 것 같은데, 이번에는 근 한 달을 갔다. 그나마 지난 주까지만 해도 논문 쓰느라 계속 밀어부쳤기 때문에 뭔가를 하는 느낌이 있기는 했는데, 그 때조차도 집중하기가 여간 어렵지 않았었다. 일단 원고를 교수님에게 보내고 나니 정말 매너리즘의 한가운데서.. 2010. 10. 14.
R 사용하기 해야 할 일은 q-value 를 구하는 것. validation 때문에 random 으로 잡아낸 데이터에 대한 q-value 를 일일이 계산해야 하기 때문에, 적어도 백번은 넘게 q-value 를 계산해야 한다. 백번 넘게 클릭을 할 수는 없는 일이기 때문에 qvalue 의 library 에서 제공해 주는 gui 를 사용할 수는 없는 일. 다행히, 그리고 일반적으로 그렇듯, qvalue는 script 도 지원해주기 때문에 그것을 사용하기로 결정. 그래서 내 작업 서버에 R 을 설치하기로 하였는데, 생각해 보니 내 작업서버는 x 가 깨진 상태. 그놈의 nautilus upgrade 하다가 critical 한 library 가 깨졌다. 뭐, 어차피 gui 따위는 없어도 작업하는데는 상관이 없기 때문에, 그리.. 2010. 10. 8.
생명체와 엔트로피 생명체는 엔트로피를 먹고 사는 개체일 뿐이다. 엔트로피란, 물질의 무질서한 정도를 수치화한 것이다. 이 때, 어느 상태에 대한 '무질서한 정도'란, 그 상태가 나타날 수 있는 '확률'을 의미한다. 자연은 확률적으로 움직이는 것 같다, 아니, 어쩌면, 자연이 움직이는 규칙을 인식하는 방법 그 자체가 '확률'인지도 모르겠다. 엔트로피는 에너지와 밀접한 관련이 있다. 엔트로피를 낮추기 위해서는, 즉, 무질서한 정도를 낮추기 위해서는, 에너지가 필요하다. 어질러진 방을 치우기 위해서는 '일'을 해야 하는 것과 같다. 생물체는 기본적으로 '열린 시스템'이다. 생물체는, 자신을 이루는 구성 성분들을 특정한 구조로 유지시키기 위해 '에너지'를 필요로 한다. 따라서 섭취한다. 소화란, 물질의 엔트로피를 높이고, 그 때.. 2010. 7. 27.

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