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data-driven hypothesis에 대한 단상 페북에 썼던 글을 가져와 보면, 예전에 발표했던 ppt를 살펴 보다 보니 이런 것을 발표한 적이 있었군. 내가 강조하고 싶었던 것은 가설이 data 로부터 오는 것이었다. 내가 하는 일 자체가 대량의 데이터를 살펴 보는 것이다 보니, 가설을 정하고 그것이 "맞나 틀리나"를 확인하는 것이 [아니라], "이런 관점에서 데이터를 분석했을 때 어떤 결과가 나올까?" 하는 것이다. 그에 따라 적당히 분석 후 나온 결과를 본 후 해석을 해서 가설을 만들어 내는 것. 나는 항상 이런 식이 생각의 출발점이 되는 것을 '추구'해 왔다, 이것만이 맞는 방법은 아니니까. 들뢰즈에 따르면 로고스적 사유는 우리가 사물 속에 집어넣은 것만을 사물로부터 끄집어낸다. 로고스는 알아보고 싶은 것만을 알아보며, 같은 맥락에서 자발적인 .. 2012. 11. 3.
날이 많이 차졌다 매번 돌아 오는 계절이지만 결코 같지 않은 날들. 사뭇 날씨가 쌀쌀해졌다. 언제나 끝나나 할 것 같았던 무더위도 어느 새 자취를 감춘 지 오래다. 오래간만에 랩에 혼자 남아 있다. 뭐, 밤새며 혼자 있는 날이 드문 것은 아니지만 이 느낌이 이 쌀쌀함과 만나 새로운 느낌을 자아내고 있다. 언제나 겨울이 되면, 겨울이 되어 가면 느껴지는 이, 뭔지 알 수 없는 설레임. 그 기원, 딱히 그럴만한 이유나 원인도 알 수 없는 느낌에 오늘도 마음이 조금은 들 뜨고 말았다. 생활은 달라진 게 별로 없다. 특별히 좋은 일도, 그렇다고 딱히 나쁜 일도 없다. 2주 앞으로 다가 온 마지막 학위검사에 마음이 촉박하게 내밀리고 있지만, 이런 긴장감이야 외려 즐기려 하고 있으니, 어쩌면 지금과 같은 때에 마음을 싱숭생숭하게 하.. 2012. 10. 22.
유전자 정보 통합 유전자 정보에 대하여, 다음과 같은 정보를 통합할 수 있다. (이 글은 개인적인 작업을 정리할 목적으로 작성함) 1. 기본 function : UniProt, OMIM, Entrez Gene2. 관여하는 Pathway : NetSlim, NCI-PID, KEGG, BioCarta, Reactome, 등등. 3. 주어진 gene을 target 하는 chemical compound or drug : Chembl, DrugBank4. gene expression data : GEO5. staining data : ProteinAtlas6. cancer 에서 mutation 정보 : COSMIC7. 관련된 질병: OMIM, GeneCards, CTD 8. Mouse 에서의 유전 정보: MGI - Mouse Ge.. 2012. 9. 19.
Argument list too long이 나올 때 rm 이나 scp 등의 명령어를 이용해서 뭔가를 하려 할 때 Argument list too long 라는 경고가 나오면서 실행이 되지 않는 경우가 있다. 예를 들면 다음과 같다. [adnoctum@nomadism chembl13_mol]$ rm *.mol-bash: /bin/rm: Argument list too long 위 경고는 *.mol 파일이 너무 많은 경우 그 모든 파일을 rm 과 같은 명령어로 전달할 수 없기 때문에 발생하는데, 이것은 main 함수로 전달할 수 있는 인자의 수를 넘어갔기 때문에 발생하는 것으로 보인다. 어쨌든 이런 경우 원하는 작업을 하기 위해서는 find 와 exec 함수를 적절히 조합하여 사용한다. 예를 들면 다음과 같이. [adnoctum@nomadism chembl1.. 2012. 7. 24.

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