분류 전체보기691 일처리 성향에 관하여 어렵진 않지만 다소 손이 많이 가는 일을 시켜 보니 각 사람의 성향이 어떤한지에 대한 느낌이 온다. 누구는 대충대충 하고, 누구는 정해진 규칙에 상관하지 않고 자기 나름대로 괜찮다고 생각되는 대로 해서 거의 제대로 된 것이 없고, 누구는 다소 꼼꼼하게 하고, 누구는 너무 꼼꼼하게 하는 등의 성향이 매우 잘 드러난다. pathway DB를 연구실에서 자체적으로 만들어 사용할 필요성이 생겨서 우서 KEGG 의 pathway 를 기반으로 해서 만들기 시작했다. 양 자체가 혼자 하기에는 다소 무리가 있었던지라 몇 개씩 랩 사람들에게 할당을 해줬다. 중요한 것은 각 단백질간의 관계를 연결선으로 제대로 연결하는 것과 각 단백질의 ID 를 정확히 입력하는 것이었다. 작성법 및 유의 사항에 대한 몇 번의 공지와 개인적.. 2014. 3. 19. pathway database 종류 및 특성 신호전달경로 혹은 metabolism 등의 pathway 를 볼 수 있는 database들은 다음과 같다. + WikiPathway+ KEGG Pathway+ Reactome+ MetaCyc + NetPath and NetSlim 또한, NetPath나 NetSlim, WikiPathWay 에 나온 것과 같은 pathway 를 그리고 수정할 수 있는 프로그램으로는 PathVisio 라는 것이 있다. 여러 Pathway 에 관한 db의 링크를 나열해 놓은 것은 www.pathguide.org 가 있다. 온갖 DB 들이 pathguide 에 있으니 자세한 것들은 이 곳을 보면 되는데 더이상 운영되지 않는 site들도 여럿 있다. 그냥 diagram만 보고 싶으면 Cell 에서 제공하는 snapshot이나 b.. 2014. 3. 18. 큰 나무 며칠 전부터 큰 나무 밑에서 한가롭게 쉬고 싶다는 생각이 문득문득 든다. 나에게 휴식은 목적 없이 초행길을 걷거나 분주히 움직이는 사람들 틈 속에서, 길 옆에 놓여 있는 벤치에 앉아 한가롭게 시간을 보내는 것 정도이다. 날이 따뜻해지면 학교에서도 종종 특별한 목적 없이 어딘가에 앉아 있곤 한다. 그에 더해서, 습하지 않은 어느 더운 여름 날, 강렬하게 빛나는 태양 아래, 나무가 만들어 준 그늘에 앉아 조용히 시간을 보내는 것 정도. 언제, 어디서 어떻게 만들어 진 이미지인지 정확히 알 수는 없지만 언제부터인가 한여름의 열기 속 나무 그늘 밑에 쭈그리고 앉아 쉬고 있는 노인들의 모습이 떠오른다. 다음 로드뷰에서 우리 동네에 있는 느티나무 사진을 가져 온 것인데, 시골 동네 앞에는 저리 큰 나무가 있다. 아.. 2014. 3. 15. ConnectivityMap 의 chemical 정보 가져 오기 Connectivity Map (CMap) 은 1,308 개의 chemical 을 몇 가지 cell-line 에 treatment 하기 전/후에서의 gene expression profile 을 microarray 로 측정한 결과를 제공해 주는 database 이다. raw CEL file 과 각 실험 조건에 관한 정보 파일을 download 할 수 있기는 한데, 문제는 각 실험에 사용된 chemical 의 정보가 이름밖에 없다는 것이다. 보통 chemical 이름은 동의어가 여럿 있기 때문에 이 이름만 갖고 일을 하는 것은 쉽지 않다. CCLE나 DrugBank, TTD, GDSC, PubChem, TCM@Taiwan, Chembl, clinicaltrails.org 에 있는 자료랑 같이 사용할 때 동.. 2014. 3. 10. 이전 1 ··· 20 21 22 23 24 25 26 ··· 173 다음
