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연구관련112

유전자 정보 통합 유전자 정보에 대하여, 다음과 같은 정보를 통합할 수 있다. (이 글은 개인적인 작업을 정리할 목적으로 작성함) 1. 기본 function : UniProt, OMIM, Entrez Gene2. 관여하는 Pathway : NetSlim, NCI-PID, KEGG, BioCarta, Reactome, 등등. 3. 주어진 gene을 target 하는 chemical compound or drug : Chembl, DrugBank4. gene expression data : GEO5. staining data : ProteinAtlas6. cancer 에서 mutation 정보 : COSMIC7. 관련된 질병: OMIM, GeneCards, CTD 8. Mouse 에서의 유전 정보: MGI - Mouse Ge.. 2012. 9. 19.
chemical database 인 Chembl DB의 ERD Chembl DB는 EBI에서 제공하는 chemical compound 에 대한 정보를 제공해 주는 database이다. 전체 내용을 mysql dump 파일로 ftp[여기] 에서 받을 수 있다. ERD 도 제공을 해 주기는 하는데 print를 하면 잘 알아볼 수 없어서 visio 로 그렸다. 실제 FTP 에 있는 ERD 그림 파일은 다음과 같다. 위 파일을 visio 로 그리고 PDF로 바꾼 파일을 이 곳에 올려 놓는다. 2012. 7. 23.
연소되어 본 적 있는가? 너는 연소되어 본 적이 있는가? 사람들은 자기가 조금만 불타 오르면 연소되었다고 착각한다. - 영화감독 변영주. 요 근래에 들은 말 중에 나를 가장 뒤돌아 보게 하는 이야기이다. 나는 언제나 열정적으로 무엇인가를 하는 것을 추구해 왔고, 얼마 정도는 그렇게 살아 왔다고 자부하고 있었다. 하지만 저 말을 듣는 순간, 나는 단지 잠깐 타 올랐던 것 뿐이라는 것을 알게 되었다. 나는 연소되지 않았던 것이다. 연소되는 것과 잠시 불타 오르는 것의 차이는 무엇일까? 내가 했던 행동과, 하지 못한 행동을 살펴 보면 그 차이를 조금이나마 알 수 있을지도 모르겠다. 무엇인가를 하게 되면 물불 안 가리고 하기는 했었다. 단지 그 모습만 보면 나는 본받을만한 행동을 했던 것이다. 일반적인 기준, 성적이라던가 업적, 명예,.. 2012. 7. 13.
화학구조식 파일을 그림으로 바꾸는 방법 화학 구조를 담고 있는 파일을 이용하여 화학 구조식을 그리는 방법을 알아 보자. 화학 구조식을 담고 있는 파일 형식은 *.mol, *.sdf, *.mol2 등이 있다. 이러한 파일들을 이용하여 실제 화학 구조식을 그리고자 할 때는 공개 API를 사용하거나 프로그램을 사용할 수 있다. 나는 3 가지를 사용해 보았는데, 가장 좋았던 것은 Marvin View에 같이 오는 molconvert 라는 것이었다. 1. RDKit2. OpenBabel3. Marvin View의 molconvert 1. RDKit RDKit 은 library 형태로 C++과 python binding 이 존재한다. 문서화가 약간 빈약하지만 가장 요긴할만한 기능들이 잘 설명이 되어 있고 파이썬 자체의 help 를 바로 사용할 수 있기 .. 2012. 7. 9.

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