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벤치 한 곳 다소 좁은 인간관계 속에서 살아가는듯 해도 막상 따지고 보면 그런 것도 아닌 것이라는 것은, 지인들이 대전을 내려 오면 가끔 연락이 닿아, 밥이라도 한 끼 같이 하고 어느 벤치엔가에 앉아 꽤 긴 시간을 보낼 때 종종 느끼곤 한다. 꽤나 더운 날들. 강렬한 햇살에, 조금은 시원한 그늘, 그리고, 이제는 제법 선선해진 바람. 구름들 사이로 가끔씩 새어 나오는 햇살. 그리고, 길가에 아무런 대책 없이 놓여 있던 벤치를, 어느 날 친구가 세포 받으러 - 아, 이런 말이 이 상황에선 왜 이렇게 우끼지 - 와서 같이 점심을 한 날, 나랑 같이 나무 그늘 밑으로 옮겨 놓았다. 그 후로 종종 그 곳에 앉곤 하는데 그럴 때마다 약간의 시간들이 겹쳐지는듯한 느낌. 바로 앞에는 분수를 따라 물줄기가 하늘로 시원하게 올라가고.. 2010. 7. 30.
생명체와 엔트로피 생명체는 엔트로피를 먹고 사는 개체일 뿐이다. 엔트로피란, 물질의 무질서한 정도를 수치화한 것이다. 이 때, 어느 상태에 대한 '무질서한 정도'란, 그 상태가 나타날 수 있는 '확률'을 의미한다. 자연은 확률적으로 움직이는 것 같다, 아니, 어쩌면, 자연이 움직이는 규칙을 인식하는 방법 그 자체가 '확률'인지도 모르겠다. 엔트로피는 에너지와 밀접한 관련이 있다. 엔트로피를 낮추기 위해서는, 즉, 무질서한 정도를 낮추기 위해서는, 에너지가 필요하다. 어질러진 방을 치우기 위해서는 '일'을 해야 하는 것과 같다. 생물체는 기본적으로 '열린 시스템'이다. 생물체는, 자신을 이루는 구성 성분들을 특정한 구조로 유지시키기 위해 '에너지'를 필요로 한다. 따라서 섭취한다. 소화란, 물질의 엔트로피를 높이고, 그 때.. 2010. 7. 27.
cannot instantiate abstract class 다음과 같은 에러 메세지가 떴다. 환경 : Visual C++ 9.0 (VS2008) on Windows XP SP3 \PerfusionCalculatorDLG.cpp(1950) : error C2259: 'IICGPerfusion2' : cannot instantiate abstract class 에러 메세지는 말 그대로 abstract class를 instantiation 시킬 수 없다는 의미이다. abstract class란 pure virtual function 을 갖는 class를 말하며, instantiation 이란 객체를 메모리에 실제로 올리는 것을 의미하는 것으로 알아도 무방하다. 각각에 대하여 좀 더 자세히 살펴 보자. pure virtual function 이란 base class 작.. 2010. 7. 26.
dense subgraph 찾아내기(MCODE) unweighted graph에서 edge number / theoretical maximum edge number 로 정의할 수 있는 density가 큰 부분을 찾는 방법을 살펴 보자. 즉, 그래프에서 점들 사이에 선분이 많이 존재하는 곳을 찾는 작업. 이와 같은 류의 문제는 아직 deterministic한 알고리즘이 없어 보이며, 모든 경우에 적용할 수 있는 일반적 해법은 없고 문제에 따라 적절한 방법이 조금씩 다른 것으로 보인다. 이 글은 MCODE 라는 Cytoscape 플러그인에서 사용하는 방법을 기반으로 작성한다. 이 방법은 우선 각 노드에 점수를 준다. 그 후, 점수가 높은 노드에서 시작해서 선택하는 노드를 퍼트려 나가는 것이다. 이 때 중요한 점은, 각 노드의 점수는 그 노드가 얼마나 de.. 2010. 7. 25.

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