연구관련/연구생활61 autodock vina를 직접 compile 해서 사용하기 protein-chemical binding affinity 를 계산하는 프로그램인 autodock vina 를 컴파일 해보자. 컴파일을 하는 이유는 실제로 이 프로그램을 실행시킬 컴퓨터에서 컴파일을 해서 사용하면 제공되는 실행 파일을 이용하는 것보다 속도가 좀 더 빠르기 때문이다. 정확한 test 는 아니지만 linux > windows 8 > windows 7 순서로 속도가 빠른 것을 확인할 수 있었고, 각 경우 언제나 직접 컴파일 한 실행 파일이 속도가 더 빠르게 나왔다. 위 결과는 컴퓨터가 아주 안좋은 경우부터 아주 좋은 경우까지 모두 해당된다. 리눅스에서의 컴파일 윈도우즈에서의 컴파일 리눅스에서의 컴파일 우선 결론적으로 정리된 절차는 다음과 같다. 32bit 운영체제(OS)에서 한 것이기 때문에.. 2014. 11. 25. 일중독일 것이라 생각하여 하던 코딩을 멈춘다. 대략 25~30대의 컴퓨터를 엮어서 사용 중이다. 그런데 중간에 연결이 끊기면 조치를 취해야 하므로 이것을 메일로 자동으로 보내는 프로그램을 작성 중이었다. 더불어 몇 가지 더 확인할 사항들을 집어 넣은 후, 이것들이 조건을 만족시키지 못하면 이 상황을 메일로 보내는 프로그램. 대략 30분에 한 번씩 확인해서 메일을 보내는 것. 잠시만이라도 컴퓨터가 놀고 있는 것을 보아 넘어 갈 수 없기도 했고, 내가 직접 확인하지 않을 때도 언제나 확인작업은 진행 중이라는 마음의 안도. 곧, 반대로 말하면, 내가 일을 하지 않고 쉬고 있어도 일이 진행되고 있다는 것을 확인할 수 없으면 생기는 불안감. 그러니까, 잠시라도 일이 진행되는 상황을 파악할 수 없으면 불안한 것. 중독인 것이다. 그래서, .. 2014. 10. 10. 연구 자원(DB 등) 개인적 사용 용도로 정리해 놓으려던 것을 공개용으로 전환하여 정리한다, 별 문제가 없으므로. 개별 설명은 최소한으로 하며 글을 읽는 사람은 전공자라 간주한다. 새로 알게 되는 내용에 따라 전체 구조가 수시로 변경될 수 있음을 미리 언급해 놓는다. 사견은 * 표시 뒤에 언급한다. 참고 문헌 링크 중 (PMC)는 누구나 읽을 수 있는 Open Access 에 대한 link 이다. Chemical DB 연번 이름 제공 설명 1 ChEMBL 현존하는 chemical DB 중 생물학적 관점에서 가장 방대한 두 DB 중 하나. 1 mysql 과 oracle의 dump 를 제공한다. 2 DrugBank 승인 받은 것과 실험중인 것 등, 약물에 관한 정보를 제공. 1 모든 구조를 단일 SDF 파일로 제공하며, 기타 정.. 2014. 9. 27. 100개가 넘는 core를 사용하는 요즘 매우 많은 컴퓨터를 사용해서 계산을 하고 있다. 물리적인 CPU의 개수가 아닌, hyper-threading으로 늘린 thread의 개수를 core라 하겠다. 즉, 요즘 보통 core 개수가 100개 이상을 갖고 작업을 하곤 했다. 우선 다른 연구실의 cluster 에 계정을 얻어서 돌렸다. 각 job이 어느 정도까지 실행되었는지 보기 위해 위와 같이 간단한 script를 만들어 확인해 보았다. 보통 200~300시간 정도가 걸려야 job 하나가 끝나는데, 이런 job이 200개 남짓. 이것을 한 번에 20개의 노드에 날렸고, 각 노드에서 core 4개를 점유해서 사용했다. 주말이나 연휴에 확인했을 때 다른 사람들이 node를 사용하고 있지 않으면 이 때는 대부분의 node를 이용했었다. 그러다 보니.... 2014. 8. 29. 이전 1 2 3 4 5 ··· 16 다음
