MCODE1 dense subgraph 찾아내기(MCODE) unweighted graph에서 edge number / theoretical maximum edge number 로 정의할 수 있는 density가 큰 부분을 찾는 방법을 살펴 보자. 즉, 그래프에서 점들 사이에 선분이 많이 존재하는 곳을 찾는 작업. 이와 같은 류의 문제는 아직 deterministic한 알고리즘이 없어 보이며, 모든 경우에 적용할 수 있는 일반적 해법은 없고 문제에 따라 적절한 방법이 조금씩 다른 것으로 보인다. 이 글은 MCODE 라는 Cytoscape 플러그인에서 사용하는 방법을 기반으로 작성한다. 이 방법은 우선 각 노드에 점수를 준다. 그 후, 점수가 높은 노드에서 시작해서 선택하는 노드를 퍼트려 나가는 것이다. 이 때 중요한 점은, 각 노드의 점수는 그 노드가 얼마나 de.. 2010. 7. 25. 이전 1 다음
