Pubmed 는 생물학 관련 논문들의 초록 정보를 담고 있는, 세계에서 가장 방대한 데이터베이스 중의 하나이며 미국국립보건원에서 관리하고 있다. 출간되는 생물학 관련 논문의 대부분은 pubmed에 기록이 올라 가며, 따라서 논문 검색을 할 때 구글(또는 구글 스칼라)과 더불어 가장 유용한 싸이트라 하겠다. 이 글은 pubmed 에서 검색하는 방법을 설명한다.
Pubmed는 NCBI의 하위 경로로 들어갈 수도 있고, 그냥 www.pubmed.com 으로도 들어갈 수 있다. 검색방법은 간단한데, 그냥 검색어를 나열하면 된다.
위와 같이 생긴 검색어 입력 창에 검색어를 입력하면 된다. 일반적으로 유전자(단백질)의 이름은 MeSH term에 의해 동의어 검색까지 모두 되므로, 공식적인 gene symbol 로 검색을 하면 왠간해선 다 잡힌다고 보면 된다. 만약 주어진 keyword가 제목에 나오는 것만 검색하고 싶으면 field를 지정할 수 있다. 다음과 같다.
위 그림은 metastasis와 p53이 둘 다 title에 나온 article만을 검색 결과로 돌려 달라고 한 것이다. 만약 abstract 까지 검색하려면 [title] 대신 [text] 를 사용하면 된다. 저렇게 두 개를 연결해 놓으면 AND 로 검색이 되며, 중요한 것은 [title]이나 [text]로 field 를 지정하면 MeSH term에 의해 검색어 확장이 이루어지지 않으니 잘 사용해야 한다는 점이다. 즉, p53 이렇게만 하면 TP53과 같은 동의어로도 검색이 진행되지만 p53[title] 하면 딱 p53 으로만 검색이 되는 것이다.
얼마 전에 (2009년 말 정도?) pubmed 검색 화면이 많이 바뀌었다. 오른쪽 옆에 Review (2) 라고 된 것을 누르면 검색 결과 중 review 논문만을 보여 준다. 또한
위의 붉은색으로 표시한 'Display Settings'를 누르면 abstract 만 표시하거나, PMID 만 표시하거나, 한 화면에 표시하는 결과를 기본 20 개에서 200 개까지 지정할 수 있고, 표시되는 순서를 지정할 수 있다. (PMID 는 pubmed 에 올라 오는 모든 항목에 고유하게 부여된 숫자이다. 모든 사람에게 한 개의 고유한 주민등록번호가 부여되는 것과 정확히 같다. 그래서 PMID 를 알고 있는 경우 endnote 에서 이 숫자를 이용해서 검색할 수도 있다)
실제 사용 방법은 이렇다. 로그인을 한 후 다음과 같이 검색을 한다.
그리고 위에 표시된 Save search 링크를 누르면 다음과 같은 화면이 나온다.
저와 같은 상태에서 조건을 적당히 조절 후 'Save' 버튼을 누르면 다음과 같이 나온다.
주어진 검색 조건으로 검색을 해서 1. 지정된 e-mail 주소로, 2. 지정한 날짜 간격으로, 3. 지정한 format으로, 4. 지정한 최대 개수의 article을 받을 수 있게 된다. 예를 들면 매주에 한 번씩 ppi network 라는 검색어로 검색된 article 정보를 내 이메일로 보내주는 것이다. 물론 매주에 한 번 이므로 지난 주에서 이번 주 사이에 검색된 것만 이메일로 온다. 이것은 매우 유용하다.
원래는 위와 같은 서비스가 Biomail 이라는 project로 있었고, 이것을 BRIC에서 설치, 서비스 했었는데 pubmed 에서 제공한 이후부터는 BRIC에서의 서비스는 중단되었다. 단, 기존 사용자에게는 계속 제공하고. 난 BRIC에서 신청한 후 사용했기 때문에 현재는 pubmed에서는 사용하고 있는 게 없다.
구글 알리미의 경우 온갖 잡다한 것으로부터 결과가 날라오기 때문에 조금 불편하므로 위와 같은 방법이 더 적합해 보인다.
(이 문서는 이 블로그에 pubmed 를 검색어로 유입되는 경우 때문에 작성한다. 난 단지 eUtils 사용법을 적고 싶었을 뿐이고...)
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