컴퓨터가 탈 수도 있다는 건

   이미 알고 있었지. 예전에 동기가 랩에서  ftp를 돌리는데, AMD CPU였다는데 이게 중요한 것인지는 모르겠고, 여하튼 어느 날 밥을 먹고 들어 갔더니, "야, 아까 니 컴퓨터에서 연기 나더라", ㅋㅋㅋ. 지금 좀 빡센 작업을 하고 있다.  얼마 전 Cytoscape 에 기본 plug-in 으로 포함이 된 NetworkAnalyzer를 이용해서 하고 있다. 이게 batch 를 지원해 줘서 간편히 하고 있는데, 역시나, 이런 류의 알고리즘이 비선형적으로 계산 시간이 증가하기 때문에 네트웍이 조금만 커지면 시간이 꽤나 오래 걸린다. 뭐, 어쨌거나, 그래서 어느 정도 내 수중에 있다고 할 수 있는 컴퓨터들을 다 모아서 현재 3개에서 계속 돌리고, 랩탑에서도 돌리고 있다. 룸메이트 랩탑까지 빌려서 어제 밤새도록 돌렸다. 역시... i5의 위엄인가, 꽤 많이 처리가 되었다. 그래서, 점심 먹기 전에 돌려 놓은 후,

"일해, 이 기계 덩어리야"

하고 가방 속에 던져 넣었다. 그리고, 밥을 먹고, 셔틀 버스를 타러 가다가 이 시간 버스에 사람이 많다고 하니 룸메가 그럼 그냥 제 차를 타고 가자 해서 자리에 앉은 후, 얼만큼 실행되었나 궁금해서 랩탑을 가방에서 꺼냈는데... 팬 돌아가는 소리가 엄청나게 나고 있고, 심지어 이상한 냄새까지 난다. 헉! 베터리는 생각보다 상당히 많이 줄어들어 있다, 아마도 팬을 돌리느라 그랬겠지. 여하튼 시껍해서, 돌아가던 거 중단시키고 얼른 컴퓨터를 껐다. 랩에 와서, 연결하면서 안 켜지면 어쩌나 하는 1ng 정도의 걱정이 있었는데, 다행이 무리 없이 켜진다. ㅋㅋㅋ. 만약 셔틀 버스를 탔다면 컴퓨터 하나 해먹을 뻔 했군. >.<""

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다행 중 불행인지 불행중 다행인지 Cytoscape 가 java로 만들어져 있어서 OS 에 상관없이 돌릴 수 있기는 한데, 메모리를 좀 많이 잡아 먹는다. 뭐, 속도는 예전에 테스트해 보았는데, 정말 빠르다. 난 C에 비해 java 가 꽤 느릴 거라 생각했는데, 헐, 아니었다, 결코 뒤지지 않았다. 지금 사용하는 CPU는 대부분 좋아보았자 i5 인데, ㅋㅋ, 이제 얼마 있으면 i7 mac pro 가 손에 들어올 테고, ㅋ, cytoscape 을 돌릴 수 있겠지.

그런데, 아무리 생각해도 너무 scalability 가 떨어진다. 살짝 실증이 나려고 해..., 각 수치의 정의는 이 논문에 있는데, 이제 슬슬 읽어 보고, 구현에 들어가 볼까나.