pathway database 종류 및 특성

   신호전달경로 혹은 metabolism 등의 pathway 를 볼 수 있는 database들은 다음과 같다. 

+ WikiPathway

+ KEGG Pathway

+ Reactome

+ MetaCyc

+ NetPath and NetSlim

또한, NetPath나 NetSlim, WikiPathWay 에 나온 것과 같은 pathway 를 그리고 수정할 수 있는 프로그램으로는 PathVisio 라는 것이 있다. 여러 Pathway 에 관한 db의 링크를 나열해 놓은 것은 www.pathguide.org 가 있다. 온갖 DB 들이 pathguide 에 있으니 자세한 것들은 이 곳을 보면 되는데 더이상 운영되지 않는 site들도 여럿 있다. 그냥 diagram만 보고 싶으면 Cell 에서 제공하는 snapshot이나 biocarta, cell signalling 회사의 home-page, Journal Of Cell Science 의 At a glance series 에서 관심 있는 것을 보아도 된다. 

   WikiPathway 는 여러 사람들이 수정/편집/생성을 할 수 있는 방식이라 꽤 많은 pathway 가 있다. 그런데 wiki 방식으로 만들어진 곳이 때문에 pathway 의 표현 방식에 있어 일관성이 부족하다. KEGG Pathway 는 이름에서 알 수 있듯이 쿄토 대학교에서 운영되는 것인데, 기본 형식은 그림으로 되어 있지만 여러 형태로 download 받을 수 있고 REST 형식으로 관련 데이터들을 얻어 올 수 있다. Reactome 은 초기에 SBML을 이용한 방식으로 만들어지기 시작한 곳이며, 커다란 pathway 를 순차적으로 좀 더 자세하게 들어가는 방식으로 되어 있다. Reactome data는 CellDesigner 같은 것으로 볼 수 있는데, conventional 하게 분생이나 세포생물학을 배운 사람이 보기엔 좀 불편할 것이다. Reactome 에서는 각 단백질 등의 entity 의 변화를 명시적으로 전부 표현을 해 놓았는데, 그것은 Pathway 그림으로부터 시뮬레이션에 필요한 식으로 곧바로 뽑아 내기 위해서 그렇게 되었을 것이다. SBML의 출발 자체가 시뮬레이션에 필요한 정보를 표준에 포함하고 있었기 때문이다^[각주:1]. MetaCyc 는 metabolism에 특화된 pathway 들을 갖고 있다. NetPath 는 HPRD 를 운영하는 곳에서 하는 것 같은데, NetPath 의 pathway 자체는 false positive interaction 이 많이 포함되어 있어서 그냥 보면 너무 방대하다. 이 중 좀 더 stringent 한 interaction 만 남겨 놓은 것이 NetSlim 이다. 만약 pathway 를 사용하고 싶으면 NetPath 보다는 NetSlim 이 좋은데 종류가 별로 없는 것이 단점이다. NetSlim 은 주로 signal transduction pathway 에 촛점이 맞추어져 있다. 

   일반적으로 KEGG의 pathway 를 많이 사용하며, 실제로 사용해 봐도 여기 것이 제일 편하고 좋다. NCI-PID 에서 운영되던 것은 더이상 제공되지 않으며 Science Signaling Gateway 에 있는 것은 너무 단순해서 별로 안 좋은 듯 싶다. 많은 site에서 xml 형식 - biopax나 owl, gpml 등 - 으로 pathway 정보를 제공해 주기 때문에 다루기는 쉬운 편이다. 

   pathway 는 주관에 따라 여러 방식으로 표현할 수 있는 것이기 때문에 표준을 정하기 좀 어렵다. 또한, 한 pathway 에 표시된 interaction 들은 cell/tissue specificity 가 무시된, context-independent한 것이기 때문에 볼 때 이 점을 고려해야 한다. pathway 에 SMAD4가 cell proliferation 에 관련된 gene expression 을 유도한다고 표시되어 있다고 해서 모든 세포에서 그렇다는 얘기는 아닌 것이다. 

1. SBML의 표준이 처음 발표되었을 때 spec을 전부 읽어 봤었다. 아마도 2004년 쯤이었던 듯 싶다. [본문으로]