R의 Bioconductor 및 관련 package 를 설치하면서

   최근 PNAS에 microarray 나 RNAseq 같은 gene expression profile 결과를 '절대적' 수치로 normalization 해 주는 방법이 나왔는데(관련 논문^[각주:1]), 그 구현은 R의 SCAN.UPC package 로 되어 있다. 그래서 이 package 를 설치 및 사용하기까지의 과정을 기록해 본다. 

(원랜 페북에 써 놓은 건데 여기다 옮겨 적는다, ㅋ)

리눅스에 R 을 설치하고 있다. 일단, 예의 그렇듯이, 에러가 났는데, readline 이나 x11 에 관련된 header 파일이 없어서 난 것은 간단히 알 수 있어서 yum 으로 설치를 했다. 그런데 lapack 을 설치하는 부분에서 에러가 난다. 문제는, lapack 과 관련 파일들을 설치를 했음에도 에러가 나고 있다는 것이다. 

 

source compile 을 하던 거였는데, 좀 귀찮아서 그냥 rpm 을 받아서 설치 시작. 그런데 dependencies 가 너무 많이 걸린다. 그래서 다시 source compile 을 시도. 에러는, 중간에 무엇인가가 컴파일 되다 에러가 난 것이었다. 컴파일 에러 메시지 바로 위쪽으로 보면 

 

g77 -fpic  -g -O2 -ffloat-store -c dlamch.f -o dlamch.o

 

이런 부분이 보인다. lapack  이 포트란으로 컴파일이 되는 것 같다. 문제는 lapack 을 R 설치시 설치하는 문제는 검색이 쉽지 않다는 점. 이런 에러 자체가 많은 것 같지도 않고, 이놈의 R 은 문제 발생 시 keyword 와 R 을 조합하는데 R 이 한 글자라 검색 결과가 신통치 않다. 위 메세지를 통째로 넣으면 구글에서 검색 결과가 하나도 없다. 음...

 

그럼, 적당히 중요한 keyword 를 선별해서 다시 검색. 

 

 g77 dlamch.f 

 

으로 검색했더니 http://r.789695.n4.nabble.com/R-3-0-1-g77-errors-td4676434.html 페이지가 걸리고, 에러 메세지가 나랑 같다. 답변을 보니, fortran compiler 로 g77 이 아니라 gfortran 을 사용하니 된다고 한다. 그래서 나도 gfortran 을 설치하고 다시 configure 를 하고 make 를 하니 에러 없이 성공. make install 까지 해서 R 을 source compile 하여 설치했다. 

 

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GEO 의 data 를 가져 오기 위해 GEOquery package 를 설치하는데, 설치 중간에 

 

* installing *source* package ‘RCurl’ ...** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checkedchecking for curl-config... noCannot find curl-configERROR: configuration failed for package ‘RCurl’* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/RCurl’ERROR: dependency ‘RCurl’ is not available for package ‘GEOquery’* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/GEOquery’

 

 

이런 메세지가 나온다. RCurl 이 없다는 얘기라서 이것을 설치하려 하면, 

 

* installing *source* package ‘RCurl’ ...** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checkedchecking for curl-config... noCannot find curl-configERROR: configuration failed for package ‘RCurl’* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/RCurl’

 

이런 말이 나온다. 음... 구체적인 에러의 이유가 안 나와 있다. 그런데, 왠지 curl 을 R 에서 사용하기 위한 interface 가 RCurl 인 것 같고, 이런 경우 주로 curl 이 이미 설치되어 있어야 하니, curl 을 설치해 봤다. 그 후 다시 위 작업을 진행하니 설치가 성공적으로 되었다. 

 

 

 

1. Multiplatform single-sample estimates of transcriptional activation [본문으로]