network visualization1 cytoscape: network 연구 프로그램 주로 단백질-단백질 상호 작용 (protein-protein interaction, PPI)나 gene-gene interaction에 의한 network을 분석할 필요가 있을 때, 또는 microarray 결과를 이용하여 differentially expressed gene (DEG) 를 찾고, 그것으로부터 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)나 EASE 로 변화된 signal pathway (주로 '모듈'로 표현되는) 을 찾아 시각화 하고자 할 때 사용할 수 있는 프로그램, Cytoscape. 간단히 PPI를 예로 들면, 엑셀 파일을 불러 올 수 있기 때문에 사용하기 편하고, simple interaction format 이란 sif 역시 만들기 쉽다. 또한 노드나 에지의 .. 2009. 3. 6. 이전 1 다음
